Phía nam huyện có quốc lộ 22A ngang qua trên chiều dài 10 km. Đường tỉnh 786 từ thành phố Tây Ninh qua huyện Châu Thành tới xã Long Chữ xuống thị trấn Bến Cầu ra quốc lộ 22A. Ngoài ra, còn có mạng lưới giao thông nông thôn nối huyện lỵ với tất cả các xã. Huyện Bến Cầu có một sông lớn và nhiều rạch nhỏ, thuận tiện cho giao thông đường thuỷ.